1991年冬，军人邦达列夫到达西伯利亚无名港口，他在那里看到了龙族骨骸与基因试验。但是谁也不曾料到，他的到来为这个绝密的基地带来了毁灭。港口爆炸后，他携带神秘物品离开，从此龙族世界的命运发生了改变。与此同时，一个神秘男孩带着女孩儿雷娜塔也悄悄离开了西伯利亚。
20年后，日本海域发现龙类心跳信号，校长昂热亲自制定SS计划，混血种少年恺撒、楚子航、路明非接受特别任务空降日本。一到东京，他们就受到了日本分部的盛情接待，执行员源稚生成为他们的导游。三个性格各异的少年带着任务压力来到东京，见分部领袖、交日本朋友、同时也流连街头夜生活、商场购物街，玩得不亦乐乎。
随后，三人正式开始水下任务，深潜器将恺撒小组送至八千米深的海域，他们见到了令人惊叹的龙族城市。就在此时，龙类胚胎开始孵化，深潜器突然出现问题，日本分部失去联系，情况变得万分危急，三个少年将面临有史以来最严峻的考验。
日本海沟深处发现龙类遗迹，卡塞尔王牌专员组恺撒、楚子航、路明非在身深潜过程中遭遇龙类袭击。三人组挣扎逃离险境，试图联络本部，却发现遭到整个日本分部的背叛与追杀。
